二套房契税按照成交价的3%计算缴纳。计算公式为：应纳的契税=成交价格(或市场指导价)*3%。二套房契税一般是在交房之前需交纳，由开发商来收取。契税没在指定时间内缴纳的，需要另外缴滞纳金。
二套房契税和一套房有差别吗
二套房契税和一套房有差别。一般来说，购买首套房的契税比购买二套房的契税要少一些。其中对个人购买家庭唯一住房，面积为90平方米以上的，减按1.5%的税率征收契税。对个人购买家庭第二套改善性住房，面积为90平方米以上的，减按2%的税率征收契税。
二套房契税退税条件是什么
1、纳税人已按预售面积、预售房款缴纳契税，但办理房产证时，发现实测面积与预售面积有误差，导致房款发生变化，致使纳税人多缴税款的，可以申请退税。
2、纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还，纳税人自缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴纳的税款。
3、房屋交易不成立，买卖双方撤销原房屋销售合同，并签订有退房协议，在办理房产证之前可以申请退还已缴纳契税。对已缴纳契税的购房单位和个人，在未办理房屋权属变更登记前退房的，退还已缴纳契税，在办理房屋权属变更登记后退房的，不予退还已缴纳契税。
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